1956年秋，经广东省宗教局推荐，惟因和尚成为新成立的中国佛学院首批学员。到1958年毕业。对于这次来之不易的学习机缘，惟因和尚很是珍惜，数十年来一直希望能有进专门学校学习的机会，今天终于实现了。虽然自己已是40多岁的人了，学习有不少困难，但惟因和尚还是发心一定要学习好，不能辜负政府的关怀、常住大众师父的期望。因而，惟因和尚充分利用每天的学习时间，认真听课，做好笔记。下课后，抓紧复习，整理笔记。同时，虚心求教，不耻下问。他经常到图书馆查阅数据，扩大视野。惟因和尚还积极参加各项公益劳动。到十三陵水库担土修坝，惟因和尚表现出色，多次得到表扬。1958年学成回来，继续在南华禅寺的禅堂参加禅修。同时，惟因和尚奉守百丈祖师所创“一日不作，一日不食”之家风，劳作不忘禅修，禅修寓于劳作，结合南华祖庭之实际，每天坐香。禅修之余，在寺中田地里种蔬菜，在寺内栽花，特别喜欢并擅长种植菊花。1961年，惟因和尚选送数盆菊花，参加韶关市公园展览，获得一等奖，奖得4个大花盆。1962年2月12日至27日，惟因和尚作为广东省佛教界代表，赴北京出席中国佛教协会第三届全国代表会。同年5月至年底，根据安排，惟因和尚到广东省社会主义学院学习。在此期间，惟因和尚与同学们一道相继赴鼎湖山和孙中山先生故居翠亨村等处参观，受到深刻的教育。

 

    1966年6月，“文化大革命”开始后，南华禅寺首当其冲，遭到严重破坏。作为寺中主要负责人之一的惟因和尚被打成“牛鬼蛇神”，受到迫害。被强令参加劳动，时时拉去挨批挨斗，甚至强迫破素食荤。面对如此迫害，惟因和尚信仰不改，道心不减，坚持暗中修行。在遭批斗时，惟因和尚采用默育《金刚经》的方式来抵抗之。不仅如此，惟因和尚还在最困难的时候，鼓励同参们坚定信心，坚信世障必去，佛法当兴。遇到有的道友想不通，惟因和尚还千方百计地予以劝说。与此同时，惟因和尚还承受超负荷的劳动，担任了一人种植全寺数十人所需蔬菜和养护全寺花木的任务。在这些年中，惟因老和尚的菜种得很好，不但满足了寺中常住的需要，有时还食而有余。每遇这时，惟因老和尚就会大开慈爱悲舍之门，将多余的菜蔬送给周围的乡亲。寺中的花木也是应时而有，生长良好，得到众人好评。

 

    1976年10月，“文化大革命”结束后，惟因和尚与众同参一道，重新过上了正常的佛教生活。尽管当时南华禅寺还被管理处管理，有时诸般事情仍然不如人意，但惟因和尚对前途充满了信心和希望，做到应缘而行，视机而作。1979年，惟因和尚以生产劳动好，被评为曲江县先进生产者，出席县政府召开的“曲江县先进集体与先进工作者表彰大会”，受到表彰。

 

    1980年12月16日至12月23日，作为广东省佛教界代表之一，惟因和尚赴北京出席中国佛教协会第四届全国代表大会，并当选为理事。会议结束后，惟因和尚应请到法源寺参与为中国佛学院学僧受戒，为尊证和尚。1982年南华禅寺管理处撤消。南华禅寺全部交由僧人管理。受众推举，惟因和尚荣膺方丈。晋院伊始，惟因和尚首先率众进行僧团建设，恢复丛林规制。顺时因缘，得海内外四众弟子共缘相助，惟因和尚主持南华禅寺的修复重建工程开始。首先修复六祖殿，接着修复重建禅堂。重建禅堂竣工后，惟因和尚在继续主持寺宇殿堂修复重建工程的同时，立即把工作重点放在禅堂建设上。从健全与完善禅堂的规划到禅堂内部法器与其它器具的配备，以至钟板的悬挂，……无论巨细，事必亲躬。惟因和尚支撑着古稀高龄的多病身体，认真教授，亲自示范，坐禅、行经、跑香的要领与注意事项，无不一一讲解。与此同时，惟因和尚看到各地寺院逐渐得到恢复，佛教界人才青黄不接的问题十分严重。对南华祖庭来说，这一问题更是迫在眉睫。对此，惟因和尚认识很为深刻。“文化大革命”刚刚结束，南华禅寺还是由管理处管理，惟因和尚依然在种菜、种花，但他老人家已经注意到了僧伽人才培养的紧迫性，并且随缘而行，开始剃度收徒。当时广东没有启坛授戒的寺院，不少青年沙弥跑到福建，甚至到五台山去受戒。到1983年，在继续主持寺宇殿堂修复重建的同时，于因缘具备之际，惟因和尚向省、市领导提出在南华禅寺举办僧伽培训班，培训求戒的沙弥后，启坛传授三坛大戒的请求，得到批准。同年5月，受广东省佛教协会委托，南华禅寺举办全省首届僧伽培训班。培训班结束后，经省市宗教部门和中国佛教协会批准，惟因和尚主持南华禅寺启坛传授三坛大戒。在政府的关怀下，得到省佛教协会领导支持，以及海内外四众弟子的护法南华禅寺受戒法会戒坛清净，如法如律，功德圆满。1984、1985、1989年，惟因和尚都为传戒和尚，主法传授三坛大戒，皆获得功德圆满。

 

    与此同时，在惟因和尚的主持下，南华禅寺的修复重建工程也在继续进行。六祖殿、天王殿、法堂、藏经楼、方丈寮以及伏虎亭、中山亭、放生池等相继得到修复重建。1983年，惟因和尚与本焕和尚及香港圣一法师、意昭法师等共同发起重建无尽庵，以安顿尼众修行。得众助缘，次年无尽庵即重建告竣。1987年，惟因和尚以古稀高龄，亲自前往江西云居山，请来虚公老和尚舍利三颗，主持在南华禅寺东侧山上兴建虚云老和尚舍利塔，以供众瞻仰，广种福田。虚公舍利塔上镌有惟因老和尚亲自撰写的《虚云和尚传略》，颂虚公不朽之功德，垂千古之风范。历时近十载的艰辛，惟因和尚率大众师傅共同发心，使南华禅寺重现祖庭雄姿，大众六和共住，常住道风严谨，规矩完善，僧团兴旺，法务昌隆。