一九二四年，由转逢和尚把南普陀寺改为十方丛林，推选会泉法师为第一任方丈，并创办闽南佛学院。于一九二七年，会泉法师三年方丈任届期满，由常惺法师推荐太虚大师为主持，派转逢和常惺二人赴沪礼请，蒙大师俯允，即偕二人来厦。四月二十九日大师在南普陀举行进寺礼，同时兼任闽南佛学院院长。由于大师要四方弘法，不能时常在寺领众，寺务就以转逢和尚为都监，转岸法师为监院。十月十七日，大师在厦门主持闽南佛学院开学典礼，会觉、惠庭为教师。大师自兼任院长后，就马上整顿教务，加强师资力量，使闽院成为我国著名的佛教学府。随后又为学僧讲了《救僧运动》略谓：“住持佛教，必须有出家的真僧，所论救僧之道，积极则真修实证以成果，舍身利众以成行，勤学明理以传教。消极则自营生计以离讥，严择出家以清源，宽许还俗以除伪。”就大师观之，佛法唯是随宜适化，如出家而有益于佛教则出家；若在家而更有益于佛教则在家。由此可了解大师对于佛法之心境，非同一般。现实证明，佛法是可以存立在世界上的，惟僧众能否保存在世界上，尚成问题。因为科学及人文主义思想再度重占当今世界文化思潮，一个国家的佛教水准，决非靠寺院的巍峨，僧人数目的众多便能提高，最主要的还是佛教研究的成就。佛教事业的发展迫切需要三方面的人材，第—，所培养的学僧能直接进入僧团接受锻炼，协助搞好寺院工作，第二，佛教教育内部的师资和佛教义理研究人材，第三，在佛教国际交流上，需要一批既懂内学又有较高造诣的外语人才。在科学如此高度发达的今天，要振兴佛教，开展佛学研究，首先必须接受历代大德的研究成果，增进各佛教系统(汉语系、藏语系、巴利语系)间的彼此了解，并综合各支教法之长，融汇而成为一个新的整体。其次，应将不变和不朽的佛法教义，利用当今科学发展的新成果，结合现代的实际情况，加一新的解释和表达，以适应今日之需要。

同年，大师在闽院还为学僧们讲了《行为学与唯根论及唯身论》、并著《自由史观》及多种评论世学之作，还应邀到全国各地讲经说法，宣扬改革佛教。是年冬，大师在灵隐寺，闽院发生学潮，院务寺务均陷停顿；惠庭及学生代表巨赞去杭州迎请大师，大师即委托大醒、芝峰前往整理，始复正规，大醒至厦不久，即编行《现代僧伽》刊物。

一九二八年夏，大师赴欧美各国襄游弘扬佛法，历经法、比、荷、德、英、美各国，为我国佛法传到西方的第一人。到处备受友邦学者欢迎，报纸杂志皆纷纷报道其言行，欧美人士对东方文化仰慕深切，各大学各学会纷纷请大师演讲，接应不暇。大师先后与巴黎、伦敦、柏林的学者成立世界佛学院，确定宗旨为“昌明佛学，陶铸文化，增进人生之福德，达成世界之安乐。"直至第二年四月归国，即于武昌佛学院召开世界佛学院第一次筹备会，唐大圆为主任，后将武昌佛学院改为世界佛学院汉英语系，继又改成武昌世界佛学院图书馆，闽南佛学院改为世界佛学院汉日语系。

一九二九年春，大师弘化南京、北京等处。院务与寺务，一切如旧。佛学院设备如图书馆、阅览室等等，逐渐增至完备，以利于学僧知识提高，并得到办事经验。到秋天，学僧数目增加到八、九十名，分为二部教授，即专修与普通二部，以冀速成人材。冬天，大师回闽院讲《真实义品》和《中国学僧现时应取的态度》，大师说：“学僧求学应取的态度，首先应当决定的是：一、根据佛学的真理，二、适应现代的社会。”常言说，“佛法在世间，不离世间觉”；要运用在世间，作应该做之事，这才能使佛教在世界人类中，自然地有一种教化的力量。这种教化的力量，能使运动成功，更进一步，即能成为普遍的佛教教化，而使世界民众皆有受佛教教化的机会。学僧要达到这些目的，必须做到如下两点：第一、对于佛教的本身要有深切认识和信仰，第二、对于现代世界潮流的状况，对它的地位与价值，有极深刻的明了和体验。养成了这种“独立不倚”的智力，便能深立在佛法的地位上来观察社会，适应社会，行人所不能行，做人所不能做的大无畏的大事业。这种事业的种类，可分为以下几条：一、教育事业；二、宣传事业；三、教务事业；四、慈善事业；五、其它社会公益等等。僧尼应依着这几个条件，随力随分在一个地方佛寺或一个县分教团，碰到有这种机缘的时候，应当去做一个首义者，即使遇不到这种机缘，也应当去创造出这种事业。只有这样，才不愧做一个当代的青年僧尼。尽管每个僧尼都能做到上述的条件，还不能说已尽责任，必须对于佛法要有真正的信仰，应从大乘的四摄六度做起。这四摄、六度，一方面对于自己有充分的修养，即是自利，另一方面对于社会群众的公益去亲切的实行，即是利他，佛法中的修行，并不是单指念佛、坐禅为修行，菩萨万行，是要建设于众生的一切事业一一社会实际生活之上的。在佛教真正的意义，即是“净佛国土”。

一九三O年春，闽院有二十余学僧毕业，大师特设一研究部，让毕业学僧继续深造。选芝峰法师为研究部长，大醒法师为副研究部长。大师先后又为学僧讲《大乘位与大乘务宗》、《西洋哲学与印度哲学概观》、《佛学之宗旨及目的》，大师说：  “在闽南佛学院，是要拿出精神来学佛学的。院内虽有各门学科也要从事修学，那是拿来作为宣传和研究佛学的工具，根本是要以佛学的信念为目标的。佛学院是以佛学为唯一的宗旨，但对其余的学科也要尽量容纳。如修学文学的，不但要以文学来领略佛经，还要以优美的文学来表现佛理，使不知佛学的人，知道有佛教，修学哲学、科学等，也是这样。”又说：“佛学的宗旨和目的，即自利利也。”接着还讲《僧教育要建筑在僧律仪之上》，僧本身之约束，全在于律仪，而律之内心，则惠舍、坚忍、勤勇、定慧、敬德、救苦，慈怨、报恩诸德行。这种种善行，皆为律仪内涵之精神要素，故菩萨戒以摄善法为本质，契之于一心，施之于四体，谓之依律仪戒，发之于世间，行之于社会，谓之饶益有情戒。今之为学僧者，起心动念，行之营谋，不可不本于此1律谓纪律，仪谓威仪，个人则前后一贯，群众则彼此和合，行动整齐，形态严肃，此谓律仪之自相，依此乃能使吾人改造身心，变化气质，以构成僧伽之体格。古人五夏以前专精戒律，五夏以后，方乃听教习禅，深有所以。故僧教育所修一切自利利他之佛学，皆须建筑于律仪的基础之上。戒律对出家人来说是特别重要的，只有持戒才能逐渐完成僧格，记得弘一律师曾经说过，要使正法久住，必须弘扬四分律。由此可见戒律的重要性。

是年，大师又为学僧讲《改革僧伽制度》，大师认为：“我国寺庙制度，多按禅宗的清规建立起来的。近代因为道高德重的长老不多，清规也逐渐失去约束的能力。且各个寺庙又都是个独立的山头，各有家风，所谓‘出门三五里，各处一家风’。这样就使禅门的清规变成名存而实亡。加上这些寺庙大部分在山区，使僧众脱离社会，脱离群众的清高奇怪恶习。"他又对《现代佛教评论》编者说：“僧伽高者隐山静修，卑者赖佛求活，惟以安分坐享为应分，此我国僧尼百年来之弊习，而致使佛化不扬，为世垢病之一大原因也。"大师曾提出整理僧伽制度的口号，作《整理僧伽制度论》发表于一九一五年。一九二七年发表《僧制今论》。一九三O年又改变观点，提出“建僧大纲”，主张全国寺庙不分宗派，建立统一的三级僧制：即学僧、职僧制、德僧制。

大师重订建僧计划后，讲题为《建设现代中国僧制大纲》，以三宝之信产生僧格，以六度之学养成僧格。又对院众讲《弥勒经大意》，对寺众讲《普门品》。时闽院已成立研究部，大师分设“法相唯识系”、“性空般若系”、 “小乘俱舍系”、 "中国佛学系”、“融通应用系”由研究员自由选习。这年大师第二任方丈三年期满，经大众恳请连任南普陀寺住持并兼院长，于佛诞日讲《纪念释迦牟尼》。大师留闽院期间，应世界书局之约，改编《佛学概论》为《佛学ABC》以行世。并应厦大之约讲《佛学在今后人世之意义》，又讲《民间与佛学》于双十中学。大师并于闲暇时阅闽院藏书而作短评多种。后应华北居士林之邀请，并讲《华严经普贤行愿品》，又创柏林佛学院于北京柏林寺，后改为世界佛学院汉巴语系。旋又往四川各地讲学弘法，成立汉藏教理院于缙云寺，后又改为世界佛学院汉藏语系。

一九三一年春，大师看到闽院内佛学教授太少，而把研究部学僧成绩尚佳者提为助教，加强师资力量，提高学僧的佛学水平，使每人都能得到佛法的受益。后大师应鼓浪屿武荣中学校长之请，讲《释迦牟尼的教育》。在中华中学讲《亚欧美佛教之鸟瞰》。又应闽南信众请，在蔡慧诚居士的涌莲精舍讲《唯识三十颂》。并著作《相宗新旧两译不同论书》。又书格言当勉信众。其文内容是：

1、执持正法摄诸长幼：谓深信佛教之正法，以摄化若老若幼之群众也。

2、一切治生谐偶，虽获俗利而不以喜悦：谓经营实业，治理生产，而能轻财乐施也。

3、游诸四卫饶益众生；谓作社会教育家、慈善家也。

4、入治正法救护一切：谓政治家、法律家，军事家，当存救世救民之心也。

5、入讲论处化以大乘：谓入诸学术研究院，研究馆、讲演会、讨论会等，皆以大乘佛学融贯之也。

6、入诸学堂诱开童蒙：谓开办小、中，大学，教育青年，启发佛慧也。

以上六言，可窥知大师人间佛教的思想。处此科技迅速发达时期：如果依声闻行果是要被诟为消极遁世的，依天乘行果是要被谤为迷信的神权的。而所依的必须是在人乘行果，依着人乘正法，先修成完善的人格，保持人乘的业报，由此向上增进，去修大乘菩萨行果。现在最要紧的是；先了解佛法，正信佛法，由正信佛法，而实行佛法。就普遍的机宜上，重在从完成人生以发达人生而走上菩萨行的大乘觉路。大师又在《人生佛教》首章提示这样的几句话：  “时至今日，则须依于全般佛陀真理而适应全世界的人类，更抉择以前各时域佛法中之精要，综合而整理之，故有人生佛教之集说。学佛法的人，读尽千经万论，若不深解人生佛教，也等于买椟还珠。”又在《即人成佛的真现实论》写一偈是：“堕世年复年，忽满四十六，众苦方沸腾，遍救怀明达，仰止唯佛陀，完成在人格，人成即佛成，是名真现实。”此偈上四句，表大师救人济世的悲心，下四句即表明大师致力于先成人格而成佛道。换言之，亦即“依止人生，增进成佛，发达人生，进化成佛。”

同年秋天，大师回闽院为学僧开讲《大乘宗地论》、《学僧修学序要》，以“立志的标准”、“为学的宗旨”、  “院众的和合”、“环境的适应”为训。严格要求学僧。是年冬，因大悲殿建筑，大师乃到处奔走，四方募资，才建成现有闽南特色的宝殿，并书“大悲殿。三字，又在殿内塑观音菩萨坐像，三面加雕四十八臂观音像三尊，重新贴金装修。殿后亲书一幅联语：

五老此留形清净为心皆补怛

普门无定相慈悲济物即观音

一九三二年十月，大师应请为奉化雪窦寺住持。月底，大师回厦门，于闽院开示《现代僧教育的危亡与佛教的前途》，极力评击士大夫式的法师，勉励学僧努力学习，不是学个讲经的仪式，要学能实行佛法，建立佛教，昌明佛法，养成既能勤苦劳动又能过淡泊的生活，这样佛教才有希望。十一月十二日，大师应新青年会之请，讲《新青年与救国之新道德》。十二月一日，大师于闽院讲《佛教的教史教法和今后的建设》，综合了历年来对于佛法之条贯统摄，做了改进佛教的论述。三日，大师与本寺两序大众商退住持及院长职，议请常惺法师继任。由常惺法师料理一切寺务院务。大师又因会泉法师之请，为厦门各界讲《大乘心地观经》，又因潮州人士热烈欢迎，往潮洲弘法一周，又应厦门大学之请，为之讲《法相唯识学概论》。