现在这部药师经，就是显密双修的法门。经中十二大愿，教人知道药师如来所发大愿的原理，以及前後长行经文所述各种修福、修富、求寿、求子等仪轨和方法，都是显教的修法；其中的密咒，即平常俗说的「药师咒」，或「药师灌顶真言」。诵此咒时，身手结印，口诵真言、意密观想，药师如来以甘露水灌我顶门，涌入全身，一切罪业，皆可消灭，一切所求，无不如意。经中所谓「求富贵得富贵、求长寿得长寿、求男子得男子」，皆得成就。贫穷之人无有衣食、固然是苦；而富贵之人，财产成千上万，无有子孙，不知将钱挂沙（ 传授）给谁？若是给了不相干的人拿走，或是给自己不欢喜的冤家，而又是觊觎自己财产的人拿走，那更是死了眼睛也不能闭！但平常的人都知道「观音送子」，现在读了药师经，才知道这部经，亦是佛教的百宝箱，求甚可以得到甚的。这并非讲经的人特别强调，故张其词，叫人信仰，而是佛在经中亲告阿难道：「如我称扬彼世尊药师琉璃光如来所有功德，此是诸佛甚深行处，难可解了，汝为信否？阿难白言：大德世尊！我於如来所说契经不生疑惑，所以者何？一切如来身语意业，无不清净。世尊，此日月轮可令堕落，妙高山王可使倾动，诸佛所言，无有异也」。阿难是深了佛理的尊者，由於他的体验与认识，从坚强的信念，发出这种誓词，可知佛语不虚，无庸疑惑。

但在这里还须注意的，诵经修法要得到灵感，须要具备三个条件：

一要信心坚固，无有疑惑；

二要虔诚恭敬，持有恒心；

三要保持善心，不可做恶。

如果已修了上面二个条件，而没第三个条件，即一面诚心求佛菩萨庇佑，一面又自己三业不净，别有所谋，为了私益，侵损他人。那你把上面所种两种功德都破坏掉了。有许多信佛的人，礼诵功夫做了很久，不得灵验，只要自己问心，有无实行这三个条件？如果没有做到，尤其是第三个最难做的条件没有做到，那你就要反省自己，勉励求道，决不可错怪修学佛法而不得灵验了。