此心咒为什么能清净业障呢？《金刚萨埵威猛三调伏续》中云：“若持诵此心咒十万遍，则破根本誓言亦得清净。”法王如意宝在解释这个教证时说：“以前念诵十万遍的话，现在是末法时代，必须要乘以四倍，即念诵四十万遍。”在密宗当中，最严重的罪是破誓言，既然这种罪业都能清净，其他罪业就更不用说了。佛经中亦云：“何人千劫中，若造严重罪，一次极力忏，诸罪得清净。”
　　
　　有些人说：“我以前在家时，造的业太可怕了，杀生、打架、谤佛法、生邪见，现在有没有忏悔的机会啊？”只要有信心，一定就有这种机会。心的意念非常关键，不仅佛法中如此承认，很多心理学家和医学家也都这样认为，比如大家共同念诵吉祥偈，对万物有增上吉祥的作用。美国有个科学家，经多年的研究发现，对同样一个事物，如一朵鲜花，用恶语来谩骂它，它很快就凋谢枯萎了；若用爱语来赞叹它，它的存活时间特别长。日本也有人研究发现，对同样的水，如果竭力赞叹它，里面会有莲花状的结晶；倘若使劲诽谤它，结晶就是非常丑恶的形状。所以大家若以强烈的忏悔心来念诵，什么样的罪业都可以清净，这个应该没有问题。
　　
　　还有一个原因，金刚萨埵是一尊佛陀，他在因地时曾发过宏愿：“愿我住于罪业深重者面前，若有众生持诵我的心咒而无法净除一切罪障，我决不成佛。”后来金刚萨埵的愿力已经实现了，因此他成佛现前清净刹土。
　　
　　可见，金刚萨埵心咒与其他如来名号不同，虽然阿弥陀佛、释迦牟尼佛、药师佛的名号都很殊胜，但每尊佛陀的发愿有别，就像同样是大学毕业，各自的专业不同一样。消除业障最殊胜的佛陀，非金刚萨埵莫属，因此我们要祈祷金刚萨埵，原因也在这里。
　　
　　总之，以有关经典的教证可了知，念诵四十万遍金刚萨埵心咒，往昔所造的罪业会得以清净；另一个原因是，金刚萨埵曾亲自承诺过，故以其发愿力定会净除罪障，就像依靠阿弥陀佛的发愿力，念其名号会往生极乐世界一样。每个人务必要记住金刚萨埵这个殊胜的誓言！